Bajo el título “Introducción al Análisis Metagenomico”, el curso fue impartido durante los días 20 y 21 de junio de 2019 en el Campus de la Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza de Amazonas (UNTRM), dentro del marco de ejecución del proyecto “Elaboración de cultivos iniciadores de fermentación de café (Coffea arabica)”, a partir del secuenciamiento metagenómico de comunidades microbianas presentes en la fermentación espontánea de cafés especiales en la región Amazonas (Perú METACAFÉ).
El proyecto, en el que participó Helix BioS en colaboración con el Laboratorio peruano BioAl, fue financiado por el Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (Fondecyt) y el Banco Mundial, fue organizado por el Instituto de Investigación para el Desarrollo Sustentable de Ceja de Selva (INDES-CES) de la UNTRM, ubicada en la ciudad de Chachapoyas(Perú).
Al workshop asistieron 15 participantes seleccionados entre licenciados, estudiantes de Postgrado (Maestría y Doctorado) y docentes de la Universidad Nacional de Trujillo, Universidad Nacional de Tumbes, Universidad Nacional Agraria La Molina (Lima),Universidad Nacional de San Martín (Tarapoto) y de la Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza de Amazonas.
Dos jornadas de trabajo
Por parte de Helix BioS impartieron el curso por videoconferencia su Director Técnico (CTO), el Dr. Carlos Garrido-Allepuz Herrera, y la Directora de Datos (CDO), Virginia Sebastián Ibáñez, mientras que presencialmente lo hizo Mónica Santa-María Fuster, PhD, Director Técnico de BioAl. El programa se desarrolló en dos jornadas de trabajo. Durante la primera se expusieron los siguientes conceptos básicos:
- Tecnologías NGS
- Introducción a la metagenómica
- Diseño experimental, procesamiento de muestras y preparación de bibliotecas.
- Tipos de métodos de secuenciación en metagenómica (amplicon y shotgun)
- Pipelines en metagenómica
La segunda jornada se desarrolló de manera práctica basada principalmente en análisis de datos metagenómicos:
- Análisis de datos I (análisis meta-taxonómico- ampliconseq): trimming de secuencia, filtrado de calidad, construcción de tablas OTU, agrupamiento de OTU.
- Análisis de datos II (análisis metagenómico- shotgun): trimming de adaptadores, filtrado de calidad, montaje y agrupación, asignación taxonómica, análisis funcional.
- Análisis de datos III ecológicos: a partir de las tablas de OTUS y taxonomía se pueden realizar los siguientes estudio ecológicos: análisis alfa y beta diversidad, abundancia absoluta y relativa de taxones y comparaciones entre condiciones ambientales, análisis de la comunidad core.
En relación al workshop y a su contenido, el Dr. José María Lezcano, Director General (CEO) de Helix BioS, ha destacado que «con este tipo de iniciativas, desde nuestro Laboratorio trabajamos día a día para llevar soluciones biotecnológicas de última generación a Latinoamérica, de manera que permitan procesos industriales más eficientes y más respetuosos con el medio ambiente y con la sociedad»
Sobre Helix BioS y BioAl
Helix BioS está formado por un equipo multidisciplinar con amplia experiencia en investigación e industria tanto en España como en Latinoamérica. Con una Sede Central en España situada en el Parque Científico de Madrid, integrado en el Campus de la Universidad de Cantoblanco – UAM, y una Sede Latinoamérica situada en Corpac (Municipalidad de San Isidro, Perú), Helix BioS facilita la gestión y análisis de datos biológicos dirigidos a la industria (sector Biotecnológico, Agroalimentario, Minería, Biorremediación), clínica, investigación y particulares gracias a la Bioinformática (rRNA, 16S,18S, ITS, RNAseq, Chip-seq, WES, WGS, ensamblado de novo) y Bioestadística (análisis de datos de carácter clínico, ambiental, experimental, genómico).
BioAl es una empresa especializada en Biotecnología ubicada en el departamento de Surco (Lima, Perú), cuenta con laboratorios de biología molecular, genética, bioquímica y microbiología. Con modernas infraestructuras y equipos de última generación, orienta su oferta a los sectores Agrícola y Textil, Alimentos y Restaurant.
