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Análisis de ChiP-Seq (chromatin immunoprecipitation sequencing)

El ChiP-Seq es un tipo especial de secuenciación que busca encontrar los sitios de unión a proteínas u otras sustancias en el DNA. En lugar de leerse y secuenciarse todo el genoma u exoma, se centra en secuenciar determinadas zonas de éste. Estas áreas son seleccionadas debido a que una/s determinada/s proteína/s se unen a ellas. De este modo, una vez se fragmente el DNA de la muestra, aquellas áreas donde este/n unida/s la/s proteína/s se separan por un método de inmunoprecipitación. Con esto se consigue enriquecer la muestra en las zonas objetivo con respecto al resto del genoma.

En Helix BioS vamos un paso más allá y cruzamos la información obtenida con bases de datos de interés, con el fin de identificar a qué genes pueden afectar, qué características tienen estas zonas (isla cpg, región de unión a histonas…), con el fin de dar toda la información sensible y relevante a nuestro cliente.

¿Qué hacemos?

1.

Alineamos los datos de la secuenciación (previo paso de inmunoprecipitación) con el genoma de referencia.

2.

Comparamos la muestra problema con el control y obtenemos las zonas enriquecidas, que es donde se ha unido la proteína (peak-calling). Para ello tenemos unos estándares muy altos, siempre aplicando diferentes algoritmos y estadísticos para filtrar y depurar los datos con el fin de obtener unos datos seguros y verídicos.

3.

Una vez obtenidas, comparamos estas con la información presente en otras bases de datos para ver qué características tienen estas zonas. En este punto, el cliente puede pedirnos información específica que quiere que busquemos.

4.

Creamos un resumen, a gusto del cliente, con todas las áreas de unión (denominadas picos) y la información que se necesite sobre ellas.

¿A quién le puede interesar?

1. Grupos de investigación clínica que quieran estudiar las variantes que puedan ocasionar ganancia o pérdida de sitios de unión a determinadas proteínas.

2. Grupos de investigación farmacológica que quieran encontrar las zonas de unión en el DNA a determinados compuestos, proteínas, etc.

3. Estudios clínicos en los que se sospeche la pérdida o ganancia de sitios de unión a una proteína con el fin de explicar problemas en la enfermedad o tratamiento.

Análisis de Metilación

El análisis de las zonas de Metilación del DNA es muy similar al del ChiP-Seq, solo que en lugar de enriquecer la muestra en las áreas donde se una proteína, se enriquece en las zonas donde el DNA se metila. El proceso de análisis es igual. La metilación tiene gran interés puesto que modifica la forma en que se transcribe el material hereditario y puede afectar a la proteína que se obtiene de él.

¿A quién le puede interesar?

1. Grupos de investigación clínica para buscar cambios en los patrones de metilación del DNA que puedan explicar cuadros o respuestas.

2. Grupos de investigación clínica que quieran identificar zonas de interés de metilación con el fin de diseñar un tratamiento.

3. Grupos de investigación farmacéutica para ver efectos en la metilación de sus fármacos.

Como en todo proceso realizado por Hélix BioS, el informe que se dará al cliente será consensuado con él, incluyendo toda la información relevante que el desee.

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